NGHIÊN CỨU XÁC ĐỊNH ĐOẠN DNA BARCODE CHO LOÀI  HOÀNG ĐÀN (Cupressus tonkinensis) PHỤC VỤ GIÁM ĐỊNH LOÀI

Hà Văn Huân; Bùi Minh Trang; Bùi Thị Mai Hương

Từ khóa:

Giám định loài, Hoàng đàn, mã vạch ADN

Tóm tắt

Hoàng đàn (Cupressus tonkinensis) là các loài cây được đánh giá là có giá trị kinh tế cao, gỗ tốt, gỗ có mùi hương. Hiện nay các loài này đang bị khai thác khá nhiều. Do đó, loài này đang đối mặt với nguy cơ tuyệt chủng. Vì vậy, việc xác định các đoạn DNA barcode cho loài Hoàng đàn (Cupressus tonkinensis Silba) phục vụ giám định loài là cần thiết. ADN tổng số được phân lập từ lá cây Hoàng đàn. Các đoạn DNA barcode (ITS, rbcL, trnH-psbA and ITS2) được nhân bản từ ADN tổng số của cây Cupressus tonkinensis bằng kỹ thuật PCR. Sản phẩm PCR chỉ ra rằng các băng thu được có kích thước giống với kích thước dự kiến, sau đó sản phẩm PCR được xác định trình tự. Kết quả phân tích trình tự đã chỉ ra, đoạn ITS có 1643 nucleotide, đoạn rbcL có 573 nucleotide, đoạn trnH-psbA có 507 nucleotide và đoạn ITS2 có 349 nucleotide. Các trình tự này sau đó được xử lý trên ngân hàng gen quốc tế NCBI đã tìm ra sự khác biệt với các loài Hoàng đàn khác: đoạn gen ITS tương đồng 94% với loài Cupressus funebris, đoạn gen rbcL tương đồng 97% với loài Cupressus funebris, đoạn gen ITS2 tương đồng 99% với loài Cupressus funebris, đoạn gen TrnH-psbA tương đồng 99% với loài Cupressus funebris. Sau đó, chúng tôi đăng ký trên DNABank.vn với mã số: CCT0001; CCT0002; CCT0003; CCT0004. Sử dụng chỉ thị ITS làm mã vạch ADN để giám định loài Hoàng đàn Cupressus tonkinensis ở Việt Nam.

Tài liệu tham khảo

Anders R. (2012). DNA barcoding as a tool for the identifcation of unknown plant material: A case study on medicinal roots traded in the medina of Marrakech. M.SC thesis, Uppsala University CBOL ABS Brochure.

Alvarez I.W.J.F. (2003). Ribosomal ITS sequences and plant phylogenic inference. Molecular phylogentics and Evolution 29: 417-434.

Aron J.F, Kevin S.B, Prasad R.K, Kevin S. Burgess, Prasad R. Kesanakurti, Sean W. Graham, Steven G. Newmaster, Brian C. Husband, Diana M. Percy, Mehrdad Hajibabaei, Spencer C. H. Barrett. (2008). Multiple multilocus DNA barcodes from the plastid genome discriminate plant species equally well. PLoS ONE. 3(7): e2802.

Chase M.W, Salamin N., Wilkinson M., Dunwell J.M., Kesanakurthi R.P., Haider N., Savolainen V. (2005). Land plants and DNA barcodes: Short-term and long-term goals. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 360:1889-1895.

Chen S.Y.H, Han J., Liu C., Song J., shi L., Zhu Y., Ma X., Gao X., Pang X., Luo K., Li Y., Li X., Leon C. (2010). Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcodes for identifying medicinal plant species. Plos one 5: e8613.

Ford C.S, Ayres K.L, Toomey N., Haider N., Stahl J.V.A., Kelly L.J., Wikström N., Hollingsworth P.M., Duff R.J., Hoot S.B., Cowan R.S., Chase M.W., Wilkinson M.J. (2009). Selection of candidate coding DNA barcoding regions for use on ADN plants. Botanical Journal of the Linnean Society. 159 (1): 1-11.

Hamilton M.B. (1999). Four primer pairs for the amplification of chloroplast intergenic regions with intraspecific variation. Molecular Ecology 8: 513-525.

Kress J.W, Erickson D.L. (2008). DNA barcodes: Genes, genomics, and bioinformatics. Proc Natl Acad Sci U S A. 105(8):2761-2762

Kress J.W, Wurdack K.J, Zimmer E.A, Weigt L.A, Janzen D.H., (2005). Use of DNA barcodes to identify flowering plants. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (23): 8369–74.

Pham Van The, Phan Ke Loc, Nguyen Tien Hiep and John Silba. (2013). The Status of Wild and Cultivated Populationsof Cupressus tonkinensis Silba in Vietnam. Bull. CCP 2 (1): 10-16.

Von Cräutlein M. Pietiläinen M., Korpelainen H., Rikkinen J. (2011). DNA barcoding: a tool for improved taxon identification and detection of species diversity. Biodiversity and conservation 20: 373-389.

Võ Văn Chi (2004). Từ điển thực vật thông dụng, tập 2. NXB Khoa học và Kỹ thuật.