Sàng lọc và phân tích đặc tính của các gene có phản ứng khác biệt với lây nhiễm nhân tạo bệnh bạc lá do vi khuẩn Xanthomonas oryzae pv. oryzae ở cây lúa (Oryza sativa) - Huy Giới, Đồng; Ngọc Minh, Phạm; Thị Minh Nguyệt, Nguyễn; Thị Hoa, Thân; Đức Hà, Chu; Thị Thu Hương, Bùi (TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ LÂM NGHIỆP, 2023)
Bệnh bạc lá là một trong những bệnh hại chính trong sản xuất lúa (Oryza sativa) ở Việt Nam. Công nghệ chọn tạo giống hiện đại giúp phát triển các dòng lúa kháng bạc lá, tuy nhiên, cơ chế phản ứng của cây lúa với bạc lá ở cấp độ phân tử vẫn chưa được khám phá toàn diện. Nghiên cứu này được thực hiện nhằm khai thác các microarray bằng phân tích tin sinh học dữ liệu lớn để sàng lọc và đánh giá đặc tính của gene có biểu hiện khác biệt (DEG) với lây nhiễm bạc lá. Cụ thể, tổng số 1630 DEG (|fold-change| ≥ 2), bao gồm 895 gene được tăng cường biểu hiện và 735 gene bị kìm hãm biểu hiện được sàng lọc từ dữ liệu microarray GSE57670 và GSE108504 liên quan đến lây nhiễm bệnh bạc lá ở cây lúa. Trong đó, nghiên cứu đã lựa chọn 51 DEG có đáp ứng mạnh (|fold-change| ≥ 10) để phân tích biểu hiện gene, chú giải chức năng, đặc tính lý hóa và vị trí cư trú nội bào. Kết quả cho thấy, 51 DEG có biểu hiện đa dạng tại 10 vị trí chính trong điều kiện thường. Các DEG này mã hóa chủ yếu cho protein điều hòa, điển hình như enzyme, nhân tố phiên mã và protein chức năng. Phân tích cho thấy các protein có tính chất lý hóa rất đa dạng, trong khi các protein này được dự đoán là cư trú tại các bào quan chính trong tế bào. Kết quả của nghiên cứu đã cung cấp những dẫn liệu quan trọng cho phân tích chức năng gene làm cơ sở để cải thiện tính kháng bệnh bạc lá ở cây lúa.